Marco Brandizi's Site

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Psyco in crisis times

[Psyco, from Wikipedia] Here it is the news. No, in crisis times Psyco doesn't keep his mother's corpse. Nor is he
 

The BioInvestigation Index and ISA Tools are out!

[The BII Architecture]

After a long time me and other brilliant guys from the NET Project team have been working, finally we have released a public version of the BioiInvestigation index and binaries for local installation! (Sources coming soon, just give us time to clean up/document etc.).

What is it?

The BII project provides an infrastructure for storage 'n retrieval of multi-omics experiments (we call them studies), i.e.: studies which of typical design is: prepare a sample and take out different measurements on it, such as microarray data, proteomics, 2D-gels, sequencing etc. We aim at keeping together the meta-data about these experiments (experiment design, sample characteristics and preparation), as well as leveraging on existing omic-specific repositories and format (e.g.: ArrayExpress + MAGETAB, PRIDE + PRIDEML).

How does it work?

We cover the whole pipeline consisting of prepare-submission/submit/search-stored-information. Submissions can be crafted by means of the ISATAB format, a tabular, spreadsheet-based format, which is a compromise between the need for an (end)user-friendly format and the need for something decently structured and formal (a similar approach was followed for the definition of MAGETAB). Things are further eased by the ISAcreator, a graphical Java tool that works similarly to Excel (or OpenOffice Calc, I don't like to mention MS only...), with the difference that ISAcreator has many more nice ISATAB-specific features. For instance, one of the most interesting things is that it connects to ontology servers (OLS or Bioportal) and allows you to select the right annotation terms for your submission.

Ippocrate, mandagli un segno [Italian]

[Immigrati, per favore non ci lasciate soli con gli Italiani]Secondo me questi pseudo-medici sporchi collaborazionisti non potranno lamentarsi se verranno svergognati sulla pubblica piazza. Se qualcuno avrà l'idea di identificarli, di pubblicare i loro nomi, le foto delle loro facce di merda, gli indirizzi dei reparti in cui lavorano, magari anche il modello, colore e targa delle loro auto.

Non si fa, viola la privacy, ma dubito che proprio tutti sapranno resistere alla tentazione di reagire con rabbia a queste bestiali, feroci violazioni della dignità umana, al modo criminale in cui si mette in pericolo la salute pubblica, quella degli stranieri e quella degli Italiani, alla infinita ipocrisia con cui degli avanzi di galera al potere invocano legge e ordine, e a quella con cui una massa di stronzi, raccomandati, evasori fiscali, corrotti e degenerati fino alla punta dei peli nello stomaco, vota, plaude e bela.

Non si fa, ma, per cercare di evitare il peggio, vale la pena menzionare che pulire il rossetto indelebile dalla carrozzeria è decisamente molto fastitioso, ma dovrebbe essere meno grave del reato di danneggiamento. Non saprei circa l'inquadramento giuridico del lancio di uova marce e pomodori, se qualcuno vuol dare lumi, qui sotto c'è il link per i commenti.

 

 

 

 

Redoing the microarray analyses

[Galileo Galilei on a money note]Nature Genetics has recently published this interesting work on repeatability of gene expression analysis. That microarray is a powerful tool used for study a number of biological phenomena is nowadays obvious. As it is that a microarray study should be repeatable, being it an instance of the experimental approach the science is based on. So, those who try to verify the repeatability of such kind of experiments are certainly welcome (sorry for repetitions... ;-) ). Even when one considers only a part of it, as they do, by focusing on the possibility to redo the analysis, starting from the raw data or the processed ones (i.e.: normalised).

What we learn from the paper is, IMHO, that the situation is better than what one would have expected, but there is still quite room to improve.

They started from an initial list of 20 papers, they choose a single conclusion from each of them (i.e.: a single figure or table) and tried to come at the same one, by redoing the analysis reported. An important part of the test is that they purposely didn't contacted the original authors, rather they tried to get all what they needed from the paper and from the data published in ArrayExpress or GEO, hence exploiting the available data annotations.

8 Marzo col califfo [Italian]

[Iranian women demonstration, from atlasshrugs2000.typepad.com]Per chi avesse ancora bisogno di capire in che stato di selvaggio sottosviluppo si è ridotto questo paese, pregasi leggere questa notizia.

Dopo averlo fatto, non ci si dovrebbe più meravigliare se la rabbia esplode solo quando la stuprata è Italiana e lo stupratore è lo sporco zingaro o il bastardo clandestino. Mentre cala, altrettanto feroce, il silenzio sul restante 80% delle violenze sessuali che le donne subiscono tra le mura domestiche, da Italianissimi maschi perbene, giusto un po' stupratori, ma senza necessità di permesso di soggiorno.

 

Stato Vegetativo Persistente [Italian]

Scusate, ma non siete molto credibili. Lo sareste molto di più se vi preoccupaste, invece di opprimerli e sfruttarli, anche di tutti gli altri casi di stato vegetativo persistente.

Error #AEF039483CD: I was programmed by a damned jerk

I've been told of all the good Software Engineering principles, and good programming and all that jazz since my childhood. Be simple. Be clear. Be modular. Reuse. Document.

(Late) notes from ISWC 2008

I've eventually found time to review the notes from the last International Semantic Web Conference conference and put them in a clean document. Yes, it's a bit late, but I like to put this here and maybe someone will still find it interesting.

If you like the longer reading, please see the slides below. If you're looking for just short impressions, I can summarize them as follows.

Work in Progress

[Image courtesy of www.brazmodels.com]New year, new site! Well, almost... I am updating layout & contents, so you may find this site a bit weird (i.e.: more than usual) and inconsistent for a (hopefully short) while.

Ce lo mette per iscritto? [Italian]

"se esce una sola intercettazione che mi riguarda- io me ne vado da questo Paese"

La Bella del Soldato [Italian]

Così parlò don Silvio: "dovremmo avere tanti soldati quante sono le belle ragazze italiane e credo che non ce la faremo mai". Traduzione: Ve l'avevo detto io di sposarvi un rampolletto

Il paese dei balocchi [Italian]

Secondo le ultime notizie, i consensi degli Italiani al governo e alla maggioranza sono in crescita. Impressionante!

[Albanese, Siamo Felici]C'è la crisi internazionale della stupidità universale della finanza? Nessuna preoccupazione, ci protegge Super-Tremonti! Gli Itagliani sono sempre più ignoranti, si regalano lauree a cani e porci, che ovviamente le aziende valutano meno importanti di quello che il loro ufficio acquisti acquista per le toilette aziendali? Viene devastata la scuola elementare, l'unico pezzo di offerta formativa che in Italia funziona ancora? Tutta propaganda dei komunisti, agli Italgliani ci piace la Gelmini, col grembiulino magari fa pure un po' sesso. Come lo fa sicuramente la Carfagna, che ci toglie di torno le zoccole. Così, quando ai mariti e ai padri di famiglia (9 milioni di Italiani clienti) prendono certe voglie, siamo sicuri che non andranno a sputtanarsi (la parola è d'obbligo) per le strade, andranno a farsi qualche "massaggio" in qualche lindo beauty center, magari gestito dal prestanome di qualche assessore. Peccato che non potranno eccitarsi un po' con le intercettazioni della Carfagna... I dipendenti pubblici vanno a lavorare anche se stanno male? Merito del mitico Brunetta! Non sappiamo se sono inclusi anche i parlamentari milionari, o gli assessori arrestati per collusione con la mafia, ma che ce ne frega? Gli Italiani sono

Se non fosse per loro [Italian]

[*](Inviato a milano.radiopolare.it) Il massacro di Abba ci ricorda che in questo paese e a Milano ci sono ancora tante minoranze da cui sperare. Gli immigrati per esempio. Che pochi vedono come una notevole risorsa per l'Italia e l'Europa. I numeri dicono che un terzo degli immigrati Italiani è impiegato in attività come muratore, bracciante, manovale [1]. Ci rubano il lavoro? Non mi sembra che ci sia la coda di giovani Italiani per prendere in mano la cazzuola o raccogliere pomodori. Occupazioni a cui per altro si destinano gli stranieri con grande dispendio di capitale umano, dato che quasi la metà degli stranieri laureati svolge un lavoro non qualificato [1].
 

Ma non c'è solo questo. I numeri ci dicono anche che in Europa si procrea sempre meno. Dicono che, con le attuali politiche di rigida chiusura verso l'esterno, l'immigrazione verso la UE aumenterà comunque, ma questo non basterà ad evitare una situazione in cui, nel 2060, per ogni ultra-sessantacinquenne, ci saranno soltanto 1.5 persone in età lavorativa, disponibili per produrre reddito e contributi allo stato sociale (oggi sono più di 3 [2]). Ma non c'è neanche solo questo.
 

The Bowing Mighty

The picture is taken from this fine article (in Italian) about the recent earthquake in the chinese region of Sichuan. It depicts a local leader bowing down and apologising for the young victims who died under the crash of school buildings.

Networking with Dendritic Cells

I've recently gone to the hearth of Mediterranean, Athens, for the annual meeting of the DC-THERA network, an FP6 project. A number of people and organisations collaborate in the context of this project, under the hat of  dendritic cells research (DC). Even me, the amateurish biologist, can guess the importance of this kind of cells for the Immune system, and their consequent importance for the development of a number of vaccines and therapies.

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